龙子湖校区建设指挥部设有指挥长1名，由校领导兼任。设副指挥长1名，为学校中层正职。下设综合事务部、规划设计部、工程建设部、联络事务部、造价材料部等5个部门。综合事务部下设综合科、信息科，规划设计部下设规划科、技术科，工程建设部下设工程科、监理科，联络事务部下设联络科、项目科，造价材料部下设造价科、材料科，以上共10个科室。